Die Erforschung der spätantiken bzw. byzantinischen Kunst ist in Mainz seit der Gründung der Universität im Jahr 1946 fest verankert. Sie begann mit der Eröffnung des Kunstgeschichtlichen Instituts, dessen Gründer und erster Direktor der promovierte Theologe und Christliche Archäologe Friedrich Gerke war. Damit fanden die Inhalte der Christlichen Archäologie in Mainz, die ansonsten zu dieser Zeit regulär als Hilfswissenschaft der Alten Kirchengeschichte an den theologischen Fakultäten angesiedelt war, einen festen Platz im Institut für Kunstgeschichte.
Zusätzlich wird die Christliche Archäologie in Mainz seit 1954 auch durch die Abteilung Alte Kirchengeschichte und Patrologie des Seminars für Kirchengeschichte an der Katholisch-Theologischen Fakultät mitvertreten. Obwohl Gerkes Forschungsschwerpunkt auf der Christlichen Archäologie (v. a. der Sarkophagplastik) lag, verstand und lehrte er die Kunstgeschichte vom frühen Christentum bis in die Moderne.
Sein Nachfolger Richard Hamann-MacLean lehrte bis 1973 Allgemeine Kunstgeschichte, wobei seine Schwerpunkte in der Mittelalterlichen und Byzantinischen Kunstgeschichte lagen, insbesondere der spätbyzantinischen Wandmalerei. Ihm war es allerdings auch ein großes Anliegen, das Fach Kunstgeschichte am Mainzer Institut in ganzer Breite vertreten zu lassen. Zu diesem Zweck holte er Hartmut Biermann als Habilitanden für die italienische Renaissance und Otto Feld als Assistenten für die Christliche Archäologie und vergab einen Lehrauftrag an Hanna Erdmann für Islamische Kunstgeschichte. Gleichzeitig mit der Emeritierung von Hamann-Mac-Lean 1973 wurde Otto Feld im Fach Kunstgeschichte habilitiert und mit dem Schwerpunkt spätantike Kunst zum Assistenzprofessor ernannt; 1982 erhielt er den Ruf nach Freiburg.
1985 wurde schließlich eine Professur für Christliche Archäologie und Byzantinische Kunstgeschichte geschaffen. Diese wurde mit Urs Peschlow besetzt, der das Fach in seiner ganzen Breite bis 2008 vertrat und durch das hohe wissenschaftliche Niveau seiner Forschungsarbeiten sehr zum Ansehen des Instituts im In- und Ausland beigetragen hat.
Seit dem Sommersemester 2009 hat Vasiliki Tsamakda diese Professur inne. Die Lehrenden des Arbeitsbereichs decken mit ihren Schwerpunkten ein breites Themenspektrum vom 3. bis 15. Jh. ab, das durch die langjährige, intensivierte und sowohl Forschung als auch Lehrveranstaltungen umfassende Kooperation mit der Byzantinistik auch historische Aspekte miteinschließt.
Seit Gründung des Instituts für Kunstgeschichte gab es also einen Schwerpunkt in der Christlichen Archäologie, und aus dieser Tradition fand wie auch anderenorts folgerichtig eine Entwicklung zu einer Erweiterung dieses Profils hin zu einer Byzantinischen Kunstgeschichte statt, die im Wesentlichen von Hamann-MacLean vorangetrieben wurde. Als selbstständiges Studienfach wurde schließlich der Magisterstudiengang Christliche Archäologie und Byzantinische Kunstgeschichte im Wintersemester 1991/1992 eingeführt. Gleichzeitig wurde der gleichnamige Arbeitsbereich innerhalb des Instituts eingerichtet. Das Fach ist heute an der Universität Mainz sowohl als Beifach als auch mit einer Schwerpunktbildung in den Studiengängen BA Archäologie, MA Archäologie und MA Kunstgeschichte studierbar und besteht weiterhin als Promotions- und Habilitationsfach.
Die Christliche Archäologie und Byzantinische Kunstgeschichte war bis zum 1. Oktober 2013 ein Arbeitsbereich im Institut für Kunstgeschichte. Im Rahmen einer Neugliederung des Fachbereichs 07 Geschichts- und Kulturwissenschaften wurden das Musikwissenschaftliche Institut sowie das Institut für Kunstgeschichte mit der Christlichen Archäologie und Byzantinische Kunstgeschichte zu einer neuen wissenschaftlichen Einrichtung fusioniert. So entstand das Institut für Kunstgeschichte und Musikwissenschaft. Gleichzeitig zog die Abteilung in die neuen Räumlichkeiten im Georg-Forster-Gebäude um. Innerhalb dieses Institutes, das bereits sein zehnjähriges Jubiläum feiert, soll der fachliche Austausch intensiviert werden.
Auf administrativer Ebene erfolgt die Eingliederung der Musikwissenschaft in das Studienbüro Kunstgeschichte, sowie die Konstituierung eines gemeinsamen Leitungsgremiums, das jeweils für ein Jahr eine/n Institutsleiter/in bestimmt. Ansonsten gibt es hinsichtlich der Räumlichkeiten, der personellen Besetzung und der Studienabläufe keine Veränderungen: aus Sicht der Studierenden und Gäste wird in den neuen Abteilungen alles in gewohnter Weise fortgeführt.